L'Idomeneo nasce nel 1998 come organo della sezione di Lecce della Società di Storia Patria per la Puglia, caratterizzandosi in modo preciso nel settore degli studi storici dal punto di vista dei contenuti, e proponendosi nello stesso tempo quale strumento di raccordo tra l'impostazione accademica della ricerca e il fertilissimo impegno degli studiosi che operano sostanzialmente in ambito locale.
Idomeneo, il mitico re di Creta, dopo la guerra di Troia e altre vicissitudini, riparò nella Puglia meridionale e fondò la città di Lecce: è il simbolo di un territorio frequentato, abitato, attraversato, nel corso del tempo da gruppi e persone dalla più varia provenienza, che deve a questo una estrema ricchezza di vicissitudini, materia di indagine e di interesse costantemente rinnovati. Da qui la scelta del titolo della rivista, che ha il pregio di collocarla in un contesto storico-geografico e sociale ben definito, espressione di un territorio tuttavia aperto alle dinamiche e ai processi globali.
Con il tempo, grazie anche al contributo di numerosi docenti universitari esperti in vari settori della ricerca, oltre che dei collaboratori più fedeli, i contenuti si sono ulteriormente ampliati, si è perseguito un aggiornamento delle questioni da affrontare e della metodologia; la natura stessa dei temi si è diversificata, riguardando, spesso e volentieri, l'attualità più vicina, i modi e i mezzi per analizzarla e i campi, per fare qualche esempio, della linguistica, dell'antropologia, della biologia, della museografia.
Ora "L'Idomeneo" si presenta in doppia veste, cartacea ed elettronica: è una scelta dettata dalle opportunità che i mezzi della comunicazione scientifica oggi offrono, con l'obiettivo di collocare la rivista in un consesso allargato di contatti e di fruitori possibili; essa rientra inoltre, a partire dal numero 14, rimanendo espressione della Società di Storia Patria (sezione di Lecce), tra le pubblicazioni periodiche del Dipartimento di Beni Culturali dell'Università del Salento, opzione che ne conferma a maggior ragione la dimensione istituzionale e la vocazione scientifica.